自2002年開工以來，南水北調東線工程就陷入治污之困，資金投入節節攀升。據估計，到2013年前，用于治污的資金將達238.4億元。而截至去年底，已經投入的治污資金高達150多億元。隨著2013年通水時間的逼近，東線的治污進入加速期。
　　
　　近日，環保部、發改委等六部委聯合印發《重點流域水污染防治“十二五”規劃編制大綱》，其中在淮河流域大綱中稱，南水北調東線沿線污染嚴重，部分水質甚至為劣V類（無用臟水）。看來，在接下來的兩年里，東線工程實現“一江清水向北流”的愿景并不輕松。
　　
　　環保部規劃設計院原院長夏青曾是南水北調東線治污規劃的總負責人，他向《每日經濟新聞》記者稱，南水北調東線的重點在山東。據了解，在淮河全流域篩選出的17個優先控制單元中，對南水北調工程有直接影響的有7個單元區域，其中6個在山東。受到污染的這些河流，部分注入了途經的南四湖，另外，周圍的約有53條大小河流，源源不斷為其提供“污水”，使其水質為劣V類。
　　
　　根據淮河流域大綱的數據，2005年至2009年，南水北調東線沿線水質有所改善，劣V類水質斷面比例從54%下降至23%。但這并不樂觀，在同樣的時間段，“各年度水質超標率分別為85%、77%、77%、82%、85%，尚不能滿足調水要求。”
　　
　　南水北調東線沿線分布著大量造紙、化工、煤炭、制藥等企業，盡管關閉、取締了許多，依然有相當數量的污染大戶“堅挺”。以山東濟寧湖段控制單元為例，目前該區域仍有7家造紙企業。其平均排放濃度遠超過南水北調東線水質要求，對輸水水質造成威脅。此外，在一度整治工業污染的同時，農業面源的污染日益嚴重，氨氮已成為首要污染因子。