今年以來，長江中下游地區遭遇罕見大旱，雖然三峽水庫持續“放水”支持抗旱，但指責“三峽工程本身就是導致干旱的原因”的議論四起，再次把三峽工程推到了輿論的風口浪尖。當不少言論把矛頭指向三峽工程改變長江流域氣候大環境，致使“旱季蓄水澇季泄洪”時，王光謙院士表示，三峽工程雖有利有弊，但其利遠遠大于弊。
　　
　　由于長江洪水災害嚴重，三峽工程最重要的功能就是防洪。這個大壩大概有2公里長，185米高。原來沒有三峽大壩時水位大概是60米，抬高后正常水位為175米。夏天的時候，水位是145米，形成1公里寬、600公里長的河道，庫容393億立方米。有了三峽工程，抵抗百年一遇的洪水沒有太大問題。
　　
　　三峽工程帶來的第二好處就是航運，隨著物流成本高，三峽帶來的好處比人們能想象的還大。“原來長江上行船，過不去的地方有人光著背拉船。我記得有一年要從武漢運送30噸的設備經宜昌去重慶，花了極大的代價，一個月才運過去，現在一個晚上就可以到。”王光謙表示
　　
　　“第三個好處是發電，支撐國民經濟的發展。此外在水資源利用方面，能從丹江口把水調出來。”王光謙說。
　　
　　說到三峽工程帶來的負面影響，王光謙告訴記者，三峽移民一部分移走了，但很多人不愿意背井離鄉，人太多沒法安置，只能往山頂上放，本來山就陡，地質災害也是一個問題。生活環境沒有改善，指望脫貧沒有希望，影響不是兩三天的事。
　　
　　“第二就是生態環境問題，最直接影響的是珍稀魚類。有一種魚在水溫18℃時準備產卵，產的卵會在流水中沖走，如果這時水庫進水，卵就會落到庫底死掉。”原來三峽工程設計規劃的時候，并沒有把生態功能考慮進去。20年前，關于生態環境保護的概念幾乎是零，十幾年前才慢慢認識到生態功能的重要性。
　　
　　此外，三峽大壩建成后，大的洪峰經過帶來泥沙沖刷，對生態環境也造成一定影響。
　　
　　“第四個問題就是地質災害，由于三峽水庫水位攀升，快速升降，加上這個地方本來就是地質災害多發區，滑坡很多，水壩再一泡，就容易坍塌。”工程建成后，地震增加了很多，最大震級是6.4級。
　　
　　王光謙表示，中國總體水資源還是多的，長江水在三峽地區就有6000億方，出海處有5000億方，需要改變的是無序狀態。長江要走出一條路，旱的時候水庫往下放水，把發電放在次要的地位。通過科學標準，幾十個水庫統一調度起來，是可以控制、改變現有局面，把負面影響減至最低的。