《水生態學雜志》創刊于1981年，由中華人民共和國水利部主管、水利部中國科學院水工程生態研究所主辦，主要報道與水生態系統及其生態過程相關的各學科原創性研究成果，刊載典型污染物的生態學效應、水生態修復技術、水體富營養化防治、水景觀生態格局、水環境污染防治、生態毒理與生物監測、水文水資源、生物多樣性保護、魚類生態學、生態漁業等方面的原創性科研論文和綜述，是水資源、水環境和水生態保護領域的學術平臺。

　　1981年，為總結交流水庫漁業生產技術經驗和科研成果，普及水庫漁業的科技知識，促進全國水庫漁業工作的開展和水庫商品魚基地的建設，在一些知名專家學者的倡導下，當時的水利部工程管理局和水利部工程管理中心(湖北省丹江口市)聯合創辦了技術性科技期刊《水庫漁業》。

　　1986年，在水利建設和水利綜合經營深入發展中水利部門需要研究解決的漁業問題和需要擴大的漁業生產領域越來越多，《水庫漁業》順應形勢的變化，更名為《水利漁業》。

　　1994年，因主辦單位職能發生變化，為更有利于《水利漁業》的發展，雜志改由水利部中國科學院水工程生態研究所(原水利部中國科學院水庫漁業研究所)主辦，編輯部遷至武漢市。

　　2008年5月，水工程生態研究所為適應國家建設生態文明的大政方針和水利部可持續發展水利政策的需要，經報請水利部同意、國家新聞出版總署批準，《水利漁業》更名為《水生態學雜志》，并由技術性科技期刊改為學術性科技期刊。