已被北大中文核心、中國科技核心期刊（CSCI）、中國社會科學引文索引（CSSCI）擴展版、中國科學引文數(shù)據(jù)庫（CSCD）擴展版、日本科學技術(shù)振興機構(gòu)數(shù)據(jù)庫（JST）等國內(nèi)外多種知名檢索系統(tǒng)收錄。2021、2022年連續(xù)兩年入選“中國國際影響力優(yōu)秀學術(shù)期刊”。目前《中國科學基金》在中國學術(shù)期刊影響因子年報統(tǒng)計期刊復合影響因子為2.712；在中國科技核心期刊（CSCI）統(tǒng)計影響因子為1.712，在“自然科學綜合”類學科排名第3位。