1992年和1996年，中華醫(yī)學(xué)雜志分別榮獲首屆和第二屆全國優(yōu)秀科技期刊一等獎;1999年榮獲首屆國家期刊獎;2003年榮獲第二屆國家期刊獎,2005年榮獲第三屆國家期刊獎，連續(xù)數(shù)年榮獲中國百種杰出學(xué)術(shù)期刊稱號。自獎項創(chuàng)辦以來，連續(xù)數(shù)年被中國學(xué)術(shù)文獻(xiàn)國際評價研究中心評為“中國最具國際影響力學(xué)術(shù)期刊”，連續(xù)數(shù)年被中國期刊協(xié)會評為“期刊數(shù)字影響力100強(qiáng)”期刊。2019年，值中華人民共和國成立70周年之際，中國期刊協(xié)會向中華醫(yī)學(xué)雜志頒發(fā)“致敬創(chuàng)刊七十年”榮譽(yù)證書。

　　在國際上，中華醫(yī)學(xué)雜志于1920年被美國Chemical Abstract收錄，1927年起就被美國醫(yī)學(xué)會Quarterly Cumulative Index Medicus收錄，是中國最早被國外醫(yī)學(xué)索引收錄的中文版醫(yī)學(xué)期刊;1960年起被美國國立醫(yī)學(xué)圖書館出版的Index Medicus收錄,其后被該館的聯(lián)機(jī)檢索系統(tǒng)Medline/Pubmed收錄;1976年起被荷蘭Excepta Medica數(shù)據(jù)庫收錄;2004年起被俄羅斯Реферативный Журнал—РЖ收錄。目前被國內(nèi)外35個數(shù)據(jù)庫和檢索系統(tǒng)收錄，并與60多個國家和地區(qū)的相關(guān)刊物建立了長期交換關(guān)系。

　　MEDLINE/PubMed聯(lián)機(jī)檢索系統(tǒng) 　　　　　　　　　荷蘭醫(yī)學(xué)文摘( EMBASE)　　　　　　　　　　　　美國化學(xué)文摘 (CA)

　　美國生物學(xué)文摘( BA)　　　　　　　　　　　　俄羅斯文摘雜志( РЖ )　　　Article First(OCLC聯(lián)機(jī)檢索數(shù)據(jù)庫)

　　ARTICLE@INIST(法國科技情報研究所文摘庫)　　美國癌癥數(shù)據(jù)庫( CancerLit)　　美國毒理學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫( TOXLINE)

　　美國艾滋病文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫( AIDSLINE)　　　　　　中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫( CSCD) 　中國科技論文與引文數(shù)據(jù)庫( CSTPCD)

　　中國學(xué)術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫 (CAJCED)　　　　　中國生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 (CBMdisc)　　　　　　中國藥學(xué)文摘( CPA)

　　中國生物醫(yī)學(xué)期刊引文查詢系統(tǒng) (CMCI)　　　　　中國學(xué)術(shù)期刊文摘　　　　　　　　中文生物醫(yī)學(xué)期刊文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫 (CMCC)

　　萬方數(shù)字化期刊全文數(shù)據(jù)庫　　　　　　　　　　　維普科技期刊全文數(shù)據(jù)庫　　　　　　　中文科持資料目錄 (醫(yī)藥衛(wèi)生)

　　中文科技資料目錄 (中草藥)　　　　　　　　　　中國生物學(xué)文摘 　　　　　　　　　　全國報刊索引(自然科學(xué)技術(shù)版)

　　中國期刊網(wǎng)、中國學(xué)術(shù)期刊(光盤版)全文數(shù)據(jù)庫 (CNKI)

　　中國醫(yī)學(xué)文摘 (基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、內(nèi)科學(xué)、外科學(xué)、腫瘤學(xué)、皮膚科學(xué)、衛(wèi)生學(xué)、放射診斷、檢驗與臨床、兒科學(xué)、眼科學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、計劃生育和婦產(chǎn)科學(xué))