被美國醫學索引/生物醫學檢索(Medline/PubMed)、Elsevier全文數據庫(Scopus)、美國化學文摘(CA)、歐洲生物醫學檢索(Europe PMC)、中國科技核心期刊(中國科技論文統計源期刊)、中文核心期刊要目總覽(北大核心目錄)、中國科學引文數據庫(CSCD)、中國生物醫學文獻數據庫(CBM)等多種國內外知名的檢索系統和數據庫收錄。《中華流行病學雜志》入選了“中國科技期刊卓越行動計劃”。2012-2018年，《中華流行病學雜志》連續榮獲“百種中國杰出學術期刊”、“中國國際影響力優秀學術期刊”等。