《南京郵電大學學報（自然科學版）》曾獲得全國高校優秀科技期刊“優秀編輯出版質量獎、Caj-cd規范期刊、第二屆江蘇期刊方陣“優秀提名期刊”、首屆中國高校特色科技期刊獎、第六屆江蘇省優秀期刊“編校質量一等獎”、全國高校優秀科技期刊“優秀編輯質量獎”、工業與信息化部“編輯質量獎”、江蘇期刊“明珠獎·優秀選題策劃”、江蘇科技期刊“金馬獎·特色期刊獎”和“選題策劃獎”、中國高校優秀科技期刊等獎項。