《南京林業大學學報（自然科學版）》曾獲全國高校優秀學術期刊一等獎、江蘇省自然科學學報一等獎。

　　2001年，《南京林業大學學報（自然科學版）》入選“中國期刊方陣”。

　　2002年，《南京林業大學學報（自然科學版）》入選“江蘇期刊方陣”，并獲優秀期刊稱號。

　　2004年，《南京林業大學學報（自然科學版）》再次獲得全國高校優秀科技期刊一等獎、江蘇省優秀科技期刊。

　　2006—2016年，《南京林業大學學報（自然科學版）》連續獲得6屆全國高校學報精品·優秀·特色期刊中的優秀科技期刊，全國高校精品·優秀·特色期刊中精品科技期刊。

　　2015年起，《南京林業大學學報（自然科學版）》連續獲得江蘇省科協“江蘇省精品科技期刊”建設項目支持。