2009年，該刊獲中國科技論文在線優秀期刊獎、該刊編輯部獲得全國高校科技期刊優秀編輯質量獎。

　　2010年，該刊獲得第三屆中國高校優秀科技期刊獎。

　　2011年，該刊編輯部獲得中國高校科技期刊優秀團隊獎、該刊官方網站獲得中國高校科技期刊研究會優秀網站獎。

　　2015年，該刊獲得中國科技論文在線優秀期刊一等獎、中國科技論文在線科技期刊優秀組織單位獎。

　　《南京工業大學學報（自然科學版）》曾獲中國期刊方陣雙效期刊獎、江蘇省期刊方針雙效期刊獎、第六屆江蘇省優秀期刊獎、全國高校自然科學優秀學報一等獎、江蘇省十佳期刊獎、《CAJ-CD規范》執行優秀期刊獎。