2009年，該刊獲中國科技論文在線優(yōu)秀期刊獎(jiǎng)、該刊編輯部獲得全國高�？萍计诳瘍�(yōu)秀編輯質(zhì)量獎(jiǎng)。

　　2010年，該刊獲得第三屆中國高校優(yōu)秀科技期刊獎(jiǎng)。

　　2011年，該刊編輯部獲得中國高�？萍计诳瘍�(yōu)秀團(tuán)隊(duì)獎(jiǎng)、該刊官方網(wǎng)站獲得中國高�？萍计诳�研究會(huì)優(yōu)秀網(wǎng)站獎(jiǎng)。

　　2015年，該刊獲得中國科技論文在線優(yōu)秀期刊一等獎(jiǎng)、中國科技論文在線科技期刊優(yōu)秀組織單位獎(jiǎng)。

　　《南京工業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版）》曾獲中國期刊方陣雙效期刊獎(jiǎng)、江蘇省期刊方針雙效期刊獎(jiǎng)、第六屆江蘇省優(yōu)秀期刊獎(jiǎng)、全國高校自然科學(xué)優(yōu)秀學(xué)報(bào)一等獎(jiǎng)、江蘇省十佳期刊獎(jiǎng)、《CAJ-CD規(guī)范》執(zhí)行優(yōu)秀期刊獎(jiǎng)。