《華中農業大學學報》曾獲得全國優期刊二等獎、中國精品科技期刊獎、中國高校精品科技期刊獎、中國高校百佳科技期刊獎、湖北省十大有影響的自然科學學術期刊獎、湖北省精品期刊獎、新聞出版總署中國期刊方陣“雙百期刊”獎、中科雙百期刊獎、第二屆全國優秀科技期刊獎、湖北省優秀科技期刊獎、全國高校優秀學報一等獎。